Một hải đoàn thường có một sĩ quan có quân kỳ riêng chỉ huy, ví dụ như một phó đô đốc hay một chuẩn đô đốc, nhưng đôi khi các hải đoàn được chỉ huy bởi một phó đề đốc hay một vị sĩ quan trên cấp bậc đại tá hải quân. Một hải đoàn lớn đôi khi được chia thành hai hoặc nhiều hải đội. Cũng giống như đơn vị hạm đội, một hải đoàn thường thường nhưng không nhất thiết là một đội hình thường trực.